La puerta más famosa del santuario de todos los monasterios de Egipto es la puerta del santuario medio, también llamada “La puerta de los símbolos”.
La puerta es un iconostasio que evidencia la relación entre la Iglesia de Alejandría y la Iglesia de Antioquía. La inscripción escrita en idioma sirio en el marco superior a la derecha se traduce como: “Honrar, glorificar, alabar y venerar a la Santísima Trinidad, que es adorada y es igual en esencia”. Luego, es posible ver una cruz en el medio del marco y hay otra inscripción a la izquierda que se traduce como “Moisés el abad de este monasterio preocupado por construir y levantar este altar durante el pontificado del papa Gabriel I, el quincuagésimo séptimo patriarca en el año 914 está dedicado a la Virgen María”. En el marco de la izquierda hay inscripciones que se traducen como: “Dios, que por su santo nombre, los recompensará por sus buenas obras y a cada creyente que participe en este altar y en este santo monasterio, salvación y vida, la preservación de sus hijos, la misericordia de sus muertos y el perdón de sus pecados”.
La puerta consta de seis ventanas, divididas en siete secciones, las cuales están hechas de madera de pino y grabadas con exquisitos dibujos e incrustaciones de marfil. En la primera fila superior hay íconos de madera correspondientes a un grupo de santos que están de derecha a izquierda: San Severo, San Ignacio, Santa María Theotokos (Madre de Dios), el ícono del Señor Jesucristo, San Marcos Apóstol y San Dióscoro. En el ícono del Señor Jesucristo tiene un libro en la mano izquierda y levanta la mano derecha para dar la bendición y fue dibujado como un hombre joven bien afeitado con un halo resplandeciente alrededor de su cabeza sin cruz. Además, la Virgen María se encuentra en una pose erguida con el pie derecho adelante y la mano derecha apoyada sobre el pecho, mientras que con la mano izquierda coge uno de los pliegues de su vestido. También se encuentran íconos del primer patriarca de cada iglesia y los patriarcas que fueron más perseguidos debido a la herejía del arzobispo Nestóreo de Constantinopla. De modo que, el segundo y el quinto ícono representa a San Marcos Apóstol, los primeros patriarcas de Alejandría y a San Ignacio el primero de los patriarcas de Antioquía. Se puede ver que el pie izquierdo de San Marcos Apóstol está ligeramente más adelante y pareciera que la mano derecha está levantada hacia el pecho y tiene un libro que sostiene en su pecho con la mano izquierda. En relación al primer y sexto ícono, estos representan a Anba Sawiro patriarca de Antioquía entre los años 512 y 518 y al papa Dióscoro patriarca de Alejandría desde el año 444 hasta el 454. Luego, en las siguientes filas se encuentran formas ornamentales con dibujos de diversos tipos de cruces. Algunos creían que estas formas ornamentales podían expresar las distintas etapas por las que ha atravesado la iglesia hasta la actualidad. Se dice que la primera fila simboliza el período de expansión del cristianismo durante la era del estado romano y la era del martirio. La segunda fila simboliza la era de las Sedes Apostólicas: Alejandría, Jerusalén, Roma, Antioquía, Constantinopla y Cartago. En la tercera fila aparece una cruz con una media luna alrededor simbolizando el surgimiento del Islam y la entrada de los árabes en Egipto. La cuarta fila muestra una cruz curva simbolizando la era de la propagación de las herejías. La quinta fila, simboliza la apatía espiritual y la gran cantidad de sectas. Y en la última fila, la cruz aparece en el centro como señal de la unidad de la Iglesia, la unión de las iglesias y la segunda venida de Cristo (la anticipada y esperada).