Alrededor del año 360 San Macario tenía sesenta años cuando llegó desde el norte del Valle Al-Natrón hasta el extremo sur. Y después de que en la región del norte hubiera un cuantioso número de monoteístas construyó una iglesia para ellos y dejó a su discípulo Paphnutius para tutelar sus vidas.
En el sur del valle y al borde de la superficie rocosa San Macarius cavó una cueva con un largo sótano que termina en otra cueva secreta en la que buscó refugio para evitar encontrarse con visitantes porque amaba la quietud y la soledad plenamente (el monasterio finalmente encontró la cueva y el sótano del santo).
Cuando pronto sus alumnos se multiplicaron reuniéndose en grupos y construyeron residencias separadas llamadas Manshoubiat, palabra copta que significa “vivienda colectiva o individual”. Comenzaron individualmente, luego su número aumentó hasta convertirse en varios miles; únicamente se reunían asistiendo cada semana a la iglesia los sábados y domingos para escuchar las enseñanzas y participar de la Sagrada Comunión.