L’église de la Vierge Marie a été construite dans la même zone où a résidé la Sainte Famille. A côté de l’église se trouvait un bain construit sur le système romain. Plus tard, un monastère a été établi, appelé Deir Al-Maghtas, et habité par des moines jusqu’à la fin du XIIe siècle.
L’église a été restaurée au XIe siècle sous les ordres du calife fatimide Al-Hakem Bi-Amr Allah, mais au XVIe siècle, elle a été détruite et demeura délabrée jusqu’à ce que Mohamed Ali Pacha ordonne sa reconstruction en 1846 après J.C., tout en préservant son caractère archéologique, et les parties antiques restantes.
Sa nef a été reconstruite en 1968 et, au cours des travaux, des reliques exceptionnelles de quelques saints ont été retrouvées dont celles de Saint Sévère d’Antioche, et de Saint Zacharie, évêque de Sakha au VIIe siècle, dont la dépouille mortuaire a également été exhumée.
Un malheureux incendie ravagea l’église le 18 Juin 2008 entraînant la destruction totale de certaines de ses antiquités, y compris la précieuse et très ancienne iconostase du sanctuaire ainsi qu’une rare icône de la Vierge.
L’église a été rénovée conformément au patrimoine architectural copte, par des moyens géométriques et artistiques d’une précision et beauté exquises, car des briques spéciales ont été utilisées au cours de la construction et la rénovation; elle a été inaugurée fin mai 2014.
Une iconostase se trouve actuellement dans la partie antique de l’église qui se compose de trois sanctuaires, dont celui du milieu dédié à la Sainte Vierge et dont la construction remonte au IVe siècle et demeure toujours; il a été surélevé deux fois, la première au XIe siècle et le second au XIXe siècle après J.C.
