D’après certains historiens, l’église de Deir Al-Garnous a été connue à travers les âges sous trois noms différents:
« L’église Bay Issos » ou Maison de Jésus, premier nom sous lequel elle a été connue après la visite de la Sainte Famille qui y était restée quatre jours. Cette appellation a été citée par Anba Kyriakos, évêque de Bahnasa (l’antique cité d’Oxyrhynchus) dans ses mémoires qu’il a compilées au VIIe siècle après JC.
Le deuxième nom « Arganos », mot qui signifie Intelligence et Investigation, a été mentionné dans leurs écrits par des historiens antiques et médiévaux, en référence à un puits qui plus tard servait de Nilomètre pour mesurer les crues du Nil.
Le troisième nom est celui de l’église de la Vierge Marie, nom de l’église actuelle construite sur les ruines de l’ancienne église et qui remonte à l’époque arabe ère il y a environ 300 ans.
L’historien Mohamed Ramzi l’a mentionné dans le Dictionnaire géographique des pays de l’Egypte ancienne sous le nom Nahiyat el Garnous.
