Construite au troisième siècle, on dit qu’un jour, pendant l’Eucharistie, un ange du Seigneur y était apparu au Père Thomas et lui avait dit: « Après l’Eucharistie, ramassez les ustensiles sacrés et cachez-les sous l’autel, car les infidèles attaqueront ce lieu et détruiront l’église ». Le révérend Thomas avait suivi les ordres de l’ange puis s’était échappé par une crypte souterraine qui existe encore aujourd’hui.
Les persécutions avaient éclaté à l’époque de l’empereur Dioclétien et l’église fut démolie, il n’en resta qu’un haut monticule de poussière. Elle demeura dans cet état jusqu’au septième siècle après JC.
Puis, dans une vision du révérend Antonios (Antoine) – serviteur de l’église de Bahnasa – le Seigneur avait annoncé que l’endroit était habité par ses anges, qu’il y avait une ancienne église cachée dans les collines et qu’on y entendait les louanges de Dieu.
Le révérend Antonios se rendit alors à Bahnasa et raconta sa vision à Anba Kyriakos, évêque de la ville à l’époque.
La Vierge Marie était alors apparue à Anba Kyriakos, enveloppée d’une lueur étincelante qui brillait plus que la lumière du soleil. Son fils unique, également à ses côtés, s’adressa en ces termes à l’évêque: « Ce lieu renferme l’autel de la gloire, et il en sera ainsi jusqu’à la fin des générations ».
La Vierge avait demandé à son fils bien-aimé: « Combien de temps, mon fils, ce lieu restera-t-il désolé ? ». Il répondit: « Même s’il est en ruines, sa mémoire se perpétuera pour toujours et il sera habité par beaucoup. Son nom sera plus célèbre que le feu sur le drapeau ». Puis le Christ disparut avec la Sainte Vierge.
Anba Kyriakos avait donc demandé au révérend Antonios ainsi qu’à d’autres prêtres de chercher le cercueil et les ustensiles sacrés cachés par le révérend Thomas, comme ce dernier l’avait écrit.
L’église a été rénovée au VIIe siècle par Son Eminence Monseigneur Kyriakos, évêque de Bahnasa qui la confia au prêtre Antonios, celui-ci continua à la servir avec dévotion et pureté.
