El-Ashmounein a été le siège d’un épiscopat copte orthodoxe pendant environ 1300 ans, du milieu du 3ième siècle jusqu’au milieu du 16ième. Ainsi, le siège de la ville d’Ashmounein est considéré comme l’un des sièges épiscopaux les plus anciens de Haute-Egypte.
On y trouve encore les vestiges d’une église aux plans basilicaux, dans la région connue sous le nom de “Kom el-Kénissa”, et qui est restée en existence pendant 6 siècles, dès sa fondation au 5ième siècle après J.C et jusqu’à sa destruction au début du 11ième.
Certaines missions archéologiques ont rapporté qu’elle possédait 48 colonnes en granite rose, de près de 6 mètres de haut et dont les couronnes et les bases étaient en calcaire.
L’historien Arabe du 12ième siècle Abou El-Makarim, mentionne également ces colonnes ainsi que plusieurs autels dont l’un servait spécifiquement pour la Divine Liturgie ayant, juste au-dessus, la trace de la main du Christ.
Des travaux de fouilles ont été entrepris à deux reprises dans la ville, les premiers par une mission anglaise de l’université d’Oxford et les suivants par l’archéologue allemand Peter Grossman en 1989. Ils y ont découvert des bâtiments et ruines de différentes époques antiques. D’ailleurs, Ashmounein est considérée comme une région particulièrement riche en histoire sainte, ses terres épongées par le sang des saints à l’âge des martyrs.