Dans le magazine El Keraza, publié le 17 Novembre 1978, Sa Sainteté le Pape Chenouda III, écrit: «Nous étions sur le point de perdre le monastère Saint-Bishoy».
En 1961, l’évêque et abbé, Son Excellence Monseigneur Basile avait déclaré qu’il était devenu incapable de le gérer. Les moines s’étaient plaints à Sa Sainteté le Pape Cyrille VI qu’ils avaient perdu goût à la vie en son sein. Celui-ci avait alors chargé l’évêque et l’abbé Théophile, du monastère des Syriens à Wadi El-Natrun, de superviser à ses dépenses et payer ses dettes. Néanmoins, son développement monastique et architectural restait au point mort.
Lorsque Sa Sainteté le Pape Chenouda III fut élu 117ième patriarche d’Alexandrie, le monastère ne comptait plus que 10 moines, dont quatre résidents et six qui travaillaient en dehors. Toutefois, Sa Sainteté prit en main la situation et entreprit une renaissance du centre religieux en commençant par nommer l’évêque et l’abbé Son Excellence Monseigneur Sarapamon à sa tête.
Aujourd’hui l’établissement monacal compte plus de 200 moines, dont 25 ermites qui vivent en cellules dans une solitude totale, n’en sortant qu’en cas de force majeure, notamment le Père Yustos Anba Bishoy et le Père Paphnutius Anba Bishoy.