Il existe un lien fort entre Saint-Bishoy et Sa Sainteté le Pape Chenouda III. Au moment où il fut élu 117ième Patriarche d’Alexandrie et Pape du Siège de Saint-Marc, Sa Sainteté se trouvait auprès de la dépouille de Saint-Bishoy, priant le Seigneur de le lui révéler et lui permette d’accomplir Sa Volonté. Ce fait a été rapporté par l’évêque et l’abbé, Son Excellence Monseigneur Sarapamon.
Le 17 Mars 2012, à la mort de Sa Sainteté Chenouda III et selon sa volonté, il fut enterré au Monastère Saint-Bishoy, dans une tombe spéciale qui se trouve juste en face de l’église, sur le côté nord, à l’emplacement du musée des habits papaux de Macaire III, construit en 2000. Les habits avaient alors été déplacés dans l’ancien réfectoire.
La tombe renferme certaines des possessions de Sa Sainteté dont ses livres, ses photos et ses habits papaux. Elle reçoit des visiteurs de tous horizons, venus pour recevoir les bénédictions du défunt.
