Le prince Omar Toussoun, de la dynastie de Mohamed Ali Pacha, a été le premier à avoir calculé sa surface d’environ deux hectares ainsi que la hauteur du mur extérieur, sa forteresse et son moulin. Connu pour ses nombreux ouvrages traitant d’archéologie, d’histoire et de géographie, le prince documenta notamment ces mesures dans ses Mémoires de la Société Royale d’Archéologie d’Alexandrie, publié en 1935.
Saint-Bishoy fonda le monastère qui porte son nom au 4ième siècle, aux alentours de 374 apr. J.-C. En 340, a vingt ans, Saint Bishoy avait été ordonné moine et vivait dans la région désertique de Wadi El-Natrun, dans un endroit appelé la Colline d’Abou Henes, à 3 Km au sud-ouest de l’actuel monastère. Il était disciple de Saint Pemwah pendant trente-quatre ans, durant lesquels il fut un exemple d’obéissance, d’ascèse et de sainteté. Saint Jean le Petit était son collègue dans l’ordre monastique, et ils vivaient ensemble dans la région de Abou Henes près de leur père spirituel Saint Pemwah.
Après la mort de Saint Pemwah en 374, un ange apparut à Saint-Bishoy et Saint-Jean le Petit, demandant à ce dernier de vivre près de l’Arbre de l’Obéissance et à Saint-Bishoy d’habiter le côté ouest de la Colline d’Abou Henes, dans une cellule qui existe toujours au Monastère des Syriens à Wadi El-Natrun.
Saint-Bishoy devint rapidement connu dans la région et rassembla de nombreux disciples qui l’aidèrent à bâtir l’antique église Saint-Bishoy, creuser un puits connu sous le nom de Puits des Martyrs (en référence aux 49 moines tués lors d’un raid berbère) et construire un moulin pour moudre le grain. Ce furent les débuts du monastère, où la vie s’écoula paisiblement jusqu’à la première attaque berbère en 407.
Saint-Bishoy avait alors été obligé de partir avec ses disciples au Mont Antinoé, dans l’actuel gouvernorat de Minya en Haute-Egypte, où il établit un second monastère à Deir El Bersha. Il y mourut en 417 et fut enterré avec tous les honneurs dus à son rang.
En 840, l’armée d’Ahmed Ibn Touloun vainquit les hordes berbères et, plus tard, les moines érigèrent un mur autour du monastère Saint-Bishoy, qu’ils prirent trois ans à construire et, en 843, ils demandèrent au Pape Joseph Ier, 52ième Patriarche d’Alexandrie, de rapatrier la dépouille du saint du Mont Antinoé au monastère.
Au 13ième siècle, le centre monacal ainsi que le toit en bois de l’église Saint-Bishoy furent détruits par une attaque de termites. Au 14ième siècle, le Pape Benjamin II fit construire un nouveau toit en pierre, l’antique église datant donc du 4ième siècle mais son toit du 14ième.
Pendant des siècles, le lieu connut une ère de paix, même si son développement était devenu presque inexistant, lorsqu’en Novembre 1971 Sa Sainteté le Pape Chenouda III soit élu 117ième Patriarche d’Alexandrie et entreprend une renaissance monastique et architecturale de l’établissement. Sa Sainteté fit construire plusieurs églises, des bâtiments de service ainsi qu’une résidence papale au sein du monastère. Il organisa également des conférences culturelles dans le Centre du Logos Papal, nouvellement inauguré, et encouragea les moines à l’étude, la recherche et l’apprentissage des langues.
