Le monastère comprend onze églises, dont les plus célèbres sont :
- L’ancienne église Saint Bishoy
Datant du IVe siècle, elle comprend trois sanctuaires. Dédié à Saint Bishoy, le sanctuaire principal est relié aux chœurs par un grand portail en bois aux panneaux ornés, datant de l’époque Fatimide. Le sanctuaire nord est dédié à la Vierge Marie, le sud à Saint-Jean Baptiste et présente d’anciennes peintures sur le mur-est. Les reliquaires portatifs qui renferment les restes de Saint Bishoy et de Saint-Paul l’Anachorète se trouvent sur le côté nord-est des chœurs ; celui du Pape Benjamin II, au sud-ouest de la nef.
La nef comprend un pupitre en bois précieux datant du VIe siècle, utilisé par les pères spirituels pour prêcher à leurs disciples ou par les prêtres pour enseigner la foi chrétienne aux paroissiens. Mesurant 2×2 mètres carrés, sa balustrade se situe à 1.5 du sol. Il est fixé par une colonne en bois et adossé à un mur qui sépare le premier chœur du deuxième.
L’église possède également une icône de la Vierge qui date du 14ème siècle et une autre de Saint-Georges datant du XVème. Elle a une porte en bois de 7 mètres de haut qui sépare les deux baies de la nef et qui date du XIème siècle.
- L’église Saint Éschyrône
On y accède par le côté sud des chœurs de l’église Saint Bishoy. L’église comprend un sanctuaire datant du 4ème siècle qui était en fait un parecclesion de l’ancienne église Saint Bishoy et qui en fut séparé au XIVeme siècle.
Les reliques du Saint Martyr Éschyrône sont conservées en dessous de l’autel. Le pape Benjamin avait rapporté ces reliques du monastère Saint-Samuel, celui-ci étant isolé et fréquemment attaqué par des bandits et des mercenaires.
L’église possède également un sanctuaire doté d’un voile ancien datant du XIème siècle.
- L’église de la Sainte Vierge et du Pape Benjamin I
Située du côté nord de l’église principale Saint Bishoy, on y accède par les chœurs de celle-ci. Elle comprend un sanctuaire datant du IVème siècle, qui renferme des restes de fresques murales dans le coin-est, qui datent du XIème siècle. Son voile, lui, date de 1489.
- L’église Saint-Georges
Son entrée est proche du coin sud-est de l’église principale. Elle comprend deux sanctuaires dont l’un est dédié à la Vierge et l’autre à Saint-Georges. Certaines reliques de Saint-Georges le Romain se trouvent dans l’église.
- L’église de la Sainte Vierge Marie dans la forteresse
Située au second étage de la forteresse et datant du Vème siècle, elle est constituée de trois sanctuaires.
Le sanctuaire principal est dédié à la Sainte Vierge Marie et celui au nord-est à l’évêque Rouweis et l’évêque Abraham, après que le Saint-Synode ait reconnu l’évêque Abraham de Fayoum et de Gizeh en tant que saint, en 1963 après JC.
Un moine a fait une inscription en noir sur le mur nord du sanctuaire, marquant la visite de Saint-Ignace, patriarche d’Antioche en 1473 après JC.
Le sanctuaire sud est dédié aux trois Makars et à Saint-Samuel le confesseur.
- L’église de l’Archange Michael:
Située au troisième étage de la forteresse, elle est datée du Ve siècle. A l’instar de tous les monastères égyptiens, l’église du troisième est dédiée à l’archange Michael, une ancienne tradition voulant qu’il soit l’ange-gardien de tous les moines.
L’église possède un beau voile daté du IXeme siècle et a été restaurée en 1792 par Ibrahim Al-Gohari puis en 1935 par le pape Johannes XIX.
