Adjacente au mur-nord, l’église de la Vierge Marie de la Grotte, est située approximativement au milieu du monastère. En face d’elle, il y a trois marches menant au « doxar » (l’entrée du monastère), qui contient la porte de l’église et une scène en mosaïque de la Vierge Marie portant le Christ. Le niveau de l’église est plus bas que l’entrée de six marches.
Le sanctuaire central de cette église est dédié à la Vierge Marie. L’iconostase est en bois incrusté d’ivoire avec des gravures de croix datant du XVe siècle après J.C. Au-dessus, on voit une icône de la Vierge Marie portant le Christ, et de part et d’autre les douze disciples. En haut de l’iconostase, se trouvent des gravures de croix et de Maries.
À droite du sanctuaire se trouve une grande icône de la Vierge Marie assise sur un trône et portant le Christ; et à gauche, une icône du Christ assis sur son trône, levant une main en signe de bénédiction et tenant la Bible de l’autre. Sa tête est entourée d’un halo de lumière imprégné d’une croix à trois branches.
Le sanctuaire sud, lui, est dédié à l’Apôtre Saint-Marc et renferme une iconostase plus récente qui représente les pères des ordres monastiques qui sont, de gauche, Saint Anba Pacôme, le Père de la communauté et Saint-Antoine, le Père des moines. Au milieu, Saint-Marc l’apôtre, le prédicateur des terres égyptiennes avec, autour de lui, un bateau et un phare, guides de sa prédication à Alexandrie. Son nom y est écrit en langue copte. A droite, on trouve Saint-Macaire le Grand, fondateur du monachisme à Wadi El-Natrun et enfin Anba Chenouda, l’Archimandrite.
Ils portent tous des habits de moines et tiennent des bâtons, à l’exception de Saint-Marc l’Apôtre, qui porte une robe et une écharpe bleue.
Quant au sanctuaire-nord, il est dédié au martyr Saint-Georges le Romain; sur l’iconostase, de droite à gauche, on trouve: le martyr Abanoub Al-Nehissy, le martyr Mina Al-Ajaïbi (le miraculeux), et, au milieu, Saint-Georges et le martyr Saint-Mercure (Abou Sefein). La dernière icône est celle de la chaste martyre Demiana et les quarante vierges.
Le Premier Chœur.. Le Compartiment des Saints
Dans le premier chœur, on trouve un compartiment nouvellement construit, à côté du mur-nord de l’église et en face du sanctuaire Saint-Georges. Il comporte deux reliquaires :
Le premier contient les restes de Saint-Jean Kama, le prêtre dont le monastère a été détruit au XIIIe siècle, et que les moines de son monastère avaient ramenés pour être placés dans le monastère des Syriaques.
Quant au deuxième reliquaire, il contient les reliques de douze saints de nationalités différentes, qui sont: Saint-Ephrem le Syriaque, qui avait un arbre encore en vie dans le monastère aujourd’hui, Saint-Sévère, Patriarche d’Antioche, Saint-Dioscore, vingt-cinquième patriarche d’Alexandrie, Saint- Kyriakos et sa mère la martyre Eulita ainsi que le prince martyr Tadros Al-Mashriqi. Il y a également les reliques des quarante martyrs de Sébaste, Saint-Jacques de l’Epée, Saint-Jean le Nain, Saint-Moïse le Noir, Saint-Archilède le moine et enfin une mèche des cheveux de Sainte-Marie Madeleine.
Le premier chœur contient un groupe d’icônes, dont :
Premièrement, une icône de la Vierge Marie portant le Seigneur Christ, trois anges l’enveloppant de tous côtés. Une icône de Saint Jean-Baptiste tenant le pied du Seigneur Christ, ce qui rappelle ses paroles: « je ne suis pas digne de délier la courroie de ses souliers », (Jean 1 :27). À côté de lui se trouve un agneau, pour nous rappeler aussi les paroles suivantes : « Voici l’Agneau de Dieu, qui ôte le péché du monde », (Jean 1 :29).
Deuxièmement, une icône de Saint-Elias au-dessus de laquelle se trouvent le Christ et la Vierge Marie, en bas de laquelle il est noté qu’il s’agit d’une œuvre d’Anastase Al-Roumi, réalisée en l’an 1582 des Martyrs.
Troisièmement, l’icône de la Crucifixion dans laquelle le Seigneur Christ apparaît crucifié, entouré par le voleur de droite et le voleur de gauche, ainsi que trois soldats avec leurs lances. En bas de la croix, se trouvent la Vierge Marie à droite et Saint-Jean le Bien-aimé à gauche.
Quatrièmement, l’icône de la Résurrection, également peinte par Anastase Al-Roumi en l’an 1582 des Martyrs; cette icône ressemble à une autre exposée au Musée copte.
Le Deuxième Chœur
Le deuxième chœur comprend l’ancien compartiment qui contenait les reliques des saints qui ont été transférées dans le nouveau compartiment du premier chœur. Mais ce qui le rend unique sont les icônes qui y sont suspendues et ses décorations qui datent du XIIe siècle, qui sont en bois incrusté et d’une beauté singulière, vu que le bois était considéré comme un matériau majeur dans l’art copte. Facile à graver, il était utilisé pour décorer les portes, les entrées et les iconostases des églises. La gravure sur bois continue à être utilisée à ce jour.
La porte de ce deuxième chœur, qui le sépare du premier, présente de belles inscriptions qui remontent à l’époque fatimide qui se caractérise par des décorations seulement, sans inscription d’images. La longueur de la porte est d’environ six mètres; elle se compose de trois vantaux dont les remplissages de décoration sont magnifiquement réalisés. La seule entrée de l’église se trouve sur le côté-sud du chœur.
Quant aux icônes accrochées aux murs de ce chœur, elles sont toutes des modernes.
A l’extrémité-ouest du chœur, se trouve le Bénitier, à côté duquel on célèbre la messe de l’Épiphanie ou la Fête de l’Apparition Divine.
Le Troisième Chœur
Sur le mur du troisième chœur côté-ouest, on trouve trois blocs de marbre sur lesquels trois lettres gréco-coptes sont gravées, chaque lettre ayant son propre symbole et sa propre signification.
Au milieu se trouve la lettre « Phi », une abréviation du mot « Ephnuti », qui signifie Dieu; côté-nord, la lettre « Alpha » ou « le commencement », et côté-sud « Omega » ou « la fin », signifiant que Dieu est le commencement et la fin.
Dans ce chœur se trouve également un grand nombre d’icônes modernes qui représentent des saints et des martyrs.
La planification de cette église remonte au IXe siècle après J.C. Elle fut nommée l’Eglise de la Grotte en raison de la présence d’une grotte ou d’un sous-sol sous le mur-nord. On y accède par une ouverture dans le mur-nord de l’autel que les moines utilisaient pour s’échapper lors des attaques berbères; elle est restée jusqu’à nos jours.
