Des soldats romains ont érigé une église au-dessus de la grotte d’Abou Serga et l’ont dédiée à deux saints chers à leurs cœurs, à savoir Saint- Serge et Saint-Bacchus, martyrisés sous le règne de Maximien (280-305 après JC). L’église fut plus tard connue sous le nom d’Abou Serga.
L’église a été un siège épiscopal du IVe au XIIIe siècle et fut d’abord connue sous le nom de Siège de Babylone, puis Siège de Foustat pour être ensuite élevée au rang de Siège d’Egypte.
On dit également que l’église a été fondée à la fin du VIIe siècle par Athanase, venu de Syrie et qui, touché par l’histoire des deux saints, l’avait construite.
Bâtie dans un style basilical, elle mesure 27 mètres de long, 17 mètres de large et 15 mètres de hauteur. Le bâtiment est plus bas que le niveau de la rue d’environ 3,90 mètres. L’entrée mène à la nef de l’église et de là à trois sanctuaires en dessous desquels se trouve l’ancienne grotte. Dans la nef, des colonnes avec des chapiteaux corinthiens qui datent du IVe et du Ve siècles.
Une peinture murale du XIIIe siècle a été découverte dans le sanctuaire-sud où se trouvent de nombreuses icônes antiques.
L’église est située presque au milieu du palais de cire ou du fort romain, à côté du musée copte.
À la fin de la dynastie des Omeyyades, elle fut exposée à un incendie lorsque le dernier des califes omeyyades Marwan II (744-750) avait brûlé Foustat. Elle a été restaurée par le ministre Jean Bin Youssef, connu sous le nom d’Ibn Al-Abah, confident du calife fatimide Al-Muntasir en 1102.
En 768, le calife Marwan Ibn Muhammad avait libéré le patriarche, Anba Michael I (46ième Patriarche d’Alexandrie), qui s’était rendu à l’église d’Abou Serga pour une prière d’action de grâce.
En 859 le pieux Anba Chenouda, 55 ème patriarche d’Alexandrie, fut le premier prêtre à y être ordonné. En 975, le patriarche Anba Abraham Al-Syriani le Syriaque (le 62ième après Saint Mark) y a également été élu, au moment où on avait déplacé la montagne Mokattam près de l’église.
L’établissement jouissait d’un statut prestigieux, comme en témoignent les élections successives de patriarches qui y ont eu lieu depuis l’Antiquité et jusqu’au début du XIIe, lorsque eut lieu l’élection du patriarche Anba Makarios en 1102.
L’église abrite actuellement les dépouilles de Saint-Serge et de Saint-Bacchus ainsi que du moine martyr Bishnouna, dont le corps a été découvert en 1991 lors de la restauration de l’église.
Le musée copte conserve d’importantes reliques y compris le plus ancien autel en bois de noyer connu dans l’histoire des églises anciennes, ainsi que des couronnes de colonnes corinthiennes, datant pour la plupart du VIe siècle après JC.
