Lorsqu’il eut atteint la soixantaine, Saint-Macaire est descendu du nord d’Wadi El-Natrun jusqu’à l’extrême sud de la région désertique aux alentours de l’an 360 après J.C. Avant son départ, et après que la région du nord ait été peuplée d’ermites, Saint- Macaire leur a construit une église et leur a laissé son élève Paphnutius gérer leur vie.
Là, dans le sud de la région désertique d’Wadi El-Natrun, au bord d’une surface rocheuse, Saint-Macaire s’était creusé une grotte avec une crypte se terminant par une autre grotte secrète où se réfugier, afin d’éviter de rencontrer les visiteurs. Il adorait la solitude et le silence (le monastère a finalement trouvé la grotte du saint avec la crypte).
Toutefois rapidement, ses disciples se sont multipliés et s’étaient rassemblés en groupes dans les environs; ils bâtirent des habitations séparées appelées «Manchoubiat», ce qui signifie logement communautaire ou individuel en langue copte.
Les disciples y ont commencé leur vie individuellement, puis leur nombre a beaucoup augmenté jusqu’à atteindre plusieurs milliers. Ils ne se réunissaient que tous les samedis et dimanches à l’église, pour écouter les enseignements et partager la Sainte Eucharistie.
