La chiesa della Vergine Maria fu costruita nella stessa zona dove dimoro` la Sacra Famiglia e c’era accanto alla chiesa una fonte battesimale dallo stile romano. Successivamente, e` stato fondato un monastero conosciuto come “Dair El Meghtas” (Monastero della Fonte battesimale), il quale rimase pieno di monaci fino alla fine del dodicesimo secolo.
La chiesa fu restaurata nell’undicesimo secolo in base ad un ordine emanato dal Califfo Fatimide “El Hakem- b-Amr-Allah”. Nel sedicesimo secolo la chiesa fu distrutta e rimase tale finche’ “Mohamed Ali Pascia`” ordino` di ricostruirla nel 1846 d.C., conservando la sua natura antica e tutelandone le parti antiche che rimasero intatte.
Nel 1968, e` stata ristrutturata la navata della Chiesa, e durante la ristrutturazione sono state rinvenute le reliquie dei corpi di alcuni santi, fra cui il Santo Patriarca “ Anba Severo di Antiochia” nonche’ San “Zakharias” , Vesovo di Sakha nel settimo secolo d.C.
La Chiesa e` stata sfortunatamente incendiata il 18 giugno 2008, e di conseguenza sono stati del tutto bruciati numerosi Capolavori antichi della Chiesa, tra cui l’Iconostasi antica del Presbiterio e un’Icona rara della Vergine Maria.
La Chiesa e` stata rinnovata conformemente al Patrimonio architettonico Copto,usando metodi tecnici ed architettonici di massima precisione e bellezza, in quanto sono stati usati mattoni di un genere molto particolare nella rinnovazione e nella ristrutturazione. La chiesa e` stata inaugurata alla fine del mese di maggio del 2014.
Dietro all’Iconostasi , si trova la parte antica della Chiesa e consiste in tre presbiteri: quello centrale porta il nome della Vergine Maria , risale al quarto secolo d.C. e esiste fino ad oggi. E` stato sopraelevato due volte: la prima all’undicesimo secolo e la seconda al diciannovesimo secolo d.C.
