Il monastero di Anba Bishoy ha attraversato tempi duri, menzionati da sua Santita` Papa Shenouda Ш, nella rivista “El Keraza” pubblicata dallo stesso monastero nel suo numero datato 17/11/1978. Scrive sua Santita`: << Questo monastero era prossimo alla rovina (era sul baratro) su tutti i livelli. Nel 1961 d.C. l’ex Abate, il defunto Anba Basilio annuncio` la sua totale incapacita` di gestire il monastero e sostenerne le spese. I monaci si lamentarono con sua Santita` Papa Cirillo sesto di non riuscire piu` a provvedere al proprio cibo e sostentamento necessario. Allora, sua Santita` Papa Cirillo sesto incarico` il defunto Anba Teofilo, Abate del monastero Al Sorian di occuparsi delle questioni finanziarie e delle spese, come anche di saldare i debiti che il monastero aveva a suo carico in quel periodo. Invece, la ripresa monastica ed architettonica doveva aspettare la manna dal Cielo.
Quando il monastero fu consegnato a sua Santita` Papa Shenouda Ш, c’erano soltanto dieci monaci, quattro di loro erano presenti dentro il monastero, mentre gli altri sei servivano fuori. Quindi, il Papa nomino` come Vescovo del monastero, Anba Sarabamon, il Vescovo Generale.
La svolta architettonica e monastica comincio` a svilupparsi. Infatti, il monastero comprende attualmente quasi duecento monaci. Circa venticique monaci di quei duecento praticano il rito dell’isolamento e del distacco dal mondo. Alcuni scelsero la vita della solitudine in celle situate all’esterno del monastero, di cui ci si esce solamente in casi di estrema necessita`. E` la pratica cosiddetta “Il monaco prigioniero”, come ad esempio il monaco Arciprete Yostos (Giusto) da Anba Bishoy nonche’ il monaco Arciprete Pafnuzio da Anba Bishoy. Altri monaci vivono in grotte e celle isolate e distanti, fuori dal recinto del monastero.