A Igreja da Virgem Maria foi construída no mesmo local em que residia a Sagrada Família. Ao lado da igreja havia um balneário, construído de acordo com o sistema romano. Mais tarde, foi erigido um mosteiro designado por Mosteiro do Batismo, que permaneceu repleto de monges até ao final do século XII d. C.
A igreja foi restaurada no século XI por ordem do Fatimid Caliph Al-Hakim be Amr Allah, tendo no século XVI sido destruída e permanecido em ruínas até Muhammad Ali Pasha ordenar a sua reconstrução em 1846 d.C., preservando ao mesmo tempo o seu carácter antigo e preservando as restantes partes arqueológicas.
Em 1968 a nave foi reconstruída, tendo sido encontradas durante o processo de construção as relíquias de alguns santos, incluindo o Patriarca Anba Sawirus de Antióquia e Anba Zacarias, Bispo de Sakha no século VII d.C., juntamente com os seus restos mortais.
A igreja sofreu um lamentável incidente devido a um incêndio a 18 de junho de 2008; isto resultou na destruição completa de uma série de antiguidades na igreja, incluindo a antiga iconostasia do santuário; e uma rara iconografia da Virgem Maria.
A igreja foi renovada de acordo com o património arquitectónico copta, de forma muito precisa e bonita, geométrica e artística, uma vez que foram utilizados tijolos de tipologia especial durante a sua construção e renovação, reabrindo em maio de 2014.
A iconostasia ou “suporte de imagens” encontra-se em frente à parte antiga da igreja, que consiste em 3 santuários. O santuário do meio está em nome da Virgem Maria, cuja construção remonta ao século IV d.C., e ainda se encontra presente até hoje. Foi erguido duas vezes: a primeira vez no século XI e a segunda no século XIX d.C.
