No século III foi construída uma igreja com o nome de “Bay Isos”. Um dia, quando o Reverendo Tomás estava a rezar na igreja, e enquanto santificava a Eucaristia, o anjo do Senhor apareceu-lhe e disse: “Depois de se aproximar da Eucaristia, recolha os vasos sagrados e esconda-os debaixo do altar, porque os infiéis atacarão este lugar e destruirão a igreja”. Assim o Reverendo Tomás fez como o anjo do Senhor lhe ordenou e fugiu através da cripta subterrânea que ainda existe até hoje.
A perseguição teve lugar na época de Diocleciano e a igreja foi demolida tornando-se apenas num grande amontoado de terra, mantendo-se neste estado até ao século VII.
Numa visão do Pastor António – que servia na igreja de Aba em Bahnasa, o Senhor Deus comunicou-lhe que este local era habitado pelos anjos do Senhor e que existia uma antiga igreja escondida debaixo das colinas, sendo o som de louvor ouvido neste local. Então o Pastor António foi à cidade de Bahnasa e contou a visão a Anba Qaryaqos, Bispo de Bahnasa nessa altura.
A seguir a Virgem Maria apareceu ao Bispo Qaryaqos, ostentando uma grande e brilhante luz que brilhava mais do que a luz do sol com o seu amado filho, disse Jesus: “Este lugar tem o altar da glória e ele será eterno.” Então a mãe Maria perguntou a Jesus: “Quanto tempo, meu amado filho, permanecerá este lugar em ruínas?” disse ele: “Mesmo que esteja em ruínas, a sua memória será imortalizada para sempre e um grande grupo viverá ali e o seu nome será celebrado.” Depois de Jesus ter terminado as suas palavras, ele e a sua mãe desapareceram da vista.
Seguidamente, Anba Qaryaqos pediu ao Reverendo António e a alguns padres e abades que se dirigissem a este lugar e procurassem as relíquias, até encontrarem a arca, os vasos sagrados e o que foi escrito pelo Reverendo Tomás, o servo da igreja.
A igreja foi renovada no século VII por Sua Graça o Bispo Qaryaqos, Bispo de Bahnasa, tendo sido entregue ao Sacerdote António, que permaneceu ao seu serviço com toda a integridade.
