Ashmunein continuou a ser a sede de uma sé episcopal durante cerca de 1300 anos, desde meados do século III d. C. até meados do século XVI d. C. Assim, a sede da cidade de Ashmunein é considerada uma das mais antigas cátedras episcopais do Alto Egipto.
Existem ainda vestígios de uma grande igreja de estilo basílico na área conhecida como “Kom El-Kenissa”, tendo esta igreja permanecido em funcionamento durante cerca de seis séculos, desde a sua criação no século V d.C. até à sua destruição no início do século XI d.C..
Algumas missões arqueológicas relataram que a igreja tinha 48 colunas de granito rosa, com cerca de seis metros de altura e as bases e coroas das colunas eram de pedra calcária.
Abu al-Makarem afirmou que a igreja da Virgem Maria em Ashmunein tinha vários altares, colunas de mármore e que apenas um altar era usado constantemente para a Divina Liturgia, porque acima dela estava o sinal da mão de Cristo.
As escavações arqueológicas foram realizadas duas vezes na cidade de Ashmunein, a primeira vez por uma missão da Universidade de Oxford e a segunda pelo arqueólogo alemão Peter Grossmann, em 1989, verificando-se que continha vários edifícios e possuía vestígios de todas as épocas. De facto, a região de Ashmunein tem uma história sagrada, pois a sua terra foi regada com o sangue de mártires durante a época do martírio.
