Esta igreja é a mais antiga do mosteiro e é única na sua estrutura simples, tendo em consideração a manutenção, reparações e modificações que têm sido feitas ao longo da história da igreja. Não pode ser categorizada sob o estilo geométrico da arte arquitetónica de qualquer outra igreja copta. Por outras palavras, distingue-se pela sua estrutura arquitetónica simples e pouco sofisticada – não refinada – e não facciosa. Foi construída com tijolos secos ao sol. As suas paredes são pouco simétricas e pouco sistemáticas. Não há padrões ornamentais antigos coptas, gravuras, cortes, variações ou desenhos nas suas paredes…etc.
O Santuário:
O coração de Deus Pai é uma área semicircular curva na parede oriental do “santuário”; um símbolo do desejo de Deus pela Sua igreja, que está à espera da Sua vinda.
Foram também construídas duas outras salas em ambos os lados do santuário. São obviamente muito mais simples do que qualquer arte de arquitetura; no entanto, são apresentadas de acordo com o antigo e original ritual da igreja. O quarto da esquerda (Norte) é usado como Sacristia; um vestiário para os clérigos, que não dispõe de nenhuma porta para a nave da igreja. A sala direita (Sul) era para o serviço dos diáconos, onde se guardava o “Conjunto da Sagrada Comunhão”. Havia também um buraco no chão, na parte inferior da parede oriental, para esvaziar o incensário no final do serviço da liturgia.
Vale a pena salientar que durante o restauro e renovação da igreja no ano 2000 d.C., verificou-se que a parede oriental não é uma, mas sim duas paredes com um espaço no meio, suficiente para uma pessoa ficar de pé neste local. Este espaço tinha uma abertura para a sala sul do santuário. De acordo com o costume da igreja, quatro pilares deveriam ser erguidos à volta do altar, pois simbolizavam os quatro Evangelistas. No entanto, devido ao espaçamento estreito deste santuário, três pilares foram erguidos e fixados às paredes direita e esquerda. O quarto pilar foi acrescentado mais tarde durante o mesmo restauro acima mencionado.
Posteriormente, foram construídas três cúpulas, no século XVI, sobre o santuário e as duas salas, de cada lado.
O Altar
Esta é a parte mais importante do santuário; tem forma cúbica e não é equilátero. Na sua superfície existe um mármore com um rebordo semicircular onde está gravada uma inscrição grega. Nela se lê “O, Senhor repouse o abençoado Kulthos” datado de Kyahk 15, 463 A.M. (11 de Dezembro, 746 A.D. de acordo com o calendário contemporâneo desse período).
Este mármore semicircular é considerado uma forma peculiar que distingue os antigos altares coptas no Egipto. A ideia da forma semicircular é uma antiga convenção copta, apareceu pela primeira vez nas imagens da Última Ceia, onde a mesa é semicircular.
De acordo com a tradição da Igreja Copta, “o altar” da Igreja da Santíssima Virgem Maria situa-se “no meio da terra do Egipto”; isto destinava-se a cumprir o que o Senhor tinha dito pelo profeta, afirmando: “Naquele dia haverá um altar dedicado ao Senhor no meio da terra do Egito, e uma coluna se erigirá ao Senhor, na sua fronteira. (Isaías 19:19). As entradas para o santuário são todas no nível abaixo, o que faz o crente passar por elas, com a cabeça inclinada em humildade e respeito para com a casa do Senhor.
Lamparinas de azeite e ovos de avestruz:
Enquanto a igreja é considerada um símbolo do Céu, as lamparinas de azeite e velas permanecem a simbolizar as estrelas; pois se o céu de matéria é decorado com estrelas de luz, assim também o céu espiritual deve ser decorado.
Lamparinas de azeite são colocadas em frente das imagens durante o culto litúrgico, acesas com azeite puro, representando Jesus Cristo que brilha através dos Seus santos; hoje em dia, a única lamparina de azeite que resta na igreja, é a da parede leste dentro do santuário; e está sempre acesa, de modo a que nenhuma chama estranha seja usada na igreja; como símbolo do que foi dito pelo Senhor a Moisés, que as lamparinas de azeite devem estar constantemente acesas, (Êxodo 27: 20 – 21). A lamparina oriental também simboliza a estrela que apareceu aos sábios do Oriente no Levante.
Os ovos de avestruz na igreja simbolizam a providência divina e a ressurreição do Senhor.