S.S. O Papa Shenouda III escreveu na revista El Keraza número 17 de novembro de 1978 sobre o Mosteiro de São Bishoy:
“O Mosteiro de São Bishoy estava prestes a desaparecer”.
Em 1961, o Bispo e Abade Basílio de São Bishoy declarou que não era capaz de gerir o mosteiro.
Os monges queixaram-se ao Papa S.S. Cirilo VI que não conseguiam satisfazer as necessidades básicas de vida, então ele nomeou o Bispo e Abade Teófilo do Mosteiro de Al Syrian para supervisionar as despesas e pagar todas as dívidas, contudo o desenvolvimento monástico e arquitetónico necessitava da mão de Deus.
Quando S.S. o Papa Shenouda III foi aclamado 117º Patriarca, o mosteiro tinha apenas dez monges, quatro monges viviam dentro das suas muralhas enquanto os outros seis serviam fora do mosteiro S.S. consagrou o Bispo e Abade Sarapamon para o Mosteiro de São Bishoy.
O renascimento monástico e arquitetónico começou na era de S.S. Papa Shenouda III. Hoje, o número de monges chega a duzentos e vinte e cinco, vivem como eremitas em clausura nas suas próprias celas dentro e fora do mosteiro, nunca saem, salvo se necessário, como o Padre Yostos Anba Bishoy e o Padre Pephnotious Anba Bishoy.
