O mosteiro de São Bishoy engloba onze igrejas, sendo as mais famosas as igrejas antigas:
1- Antiga igreja de São Bishoy:
A Igreja é do século IV e inclui três santuários.
O santuário principal é dedicado a São Bíshoy e está ligado ao coro através de um pórtico superior com painéis de madeira ornamentada que datam do Período Fatímida.
O santuário a norte é dedicado à Santíssima Virgem Maria.
O santuário ao sul é dedicado a São João Baptista, possui algumas pinturas antigas na fachada oriental.
O relicário do corpo de São Bishoy e as relíquias de São Paulo de Tammah estão situadas no canto nordeste do coro, enquanto as do corpo do Papa Benjamim II estão situadas no canto sudoeste da nave.
A nave tem um púlpito valioso feito em madeira datado do século VI, foi utilizado por um sacerdote para pregar aos seus discípulos ou por um sacerdote para ensinar ao povo a fé cristã. O púlpito é feito de madeira, e tem uma área quadrada 2×2 m2, a balaustrada do púlpito fica a 1,5m do chão da igreja e é fixada por uma coluna de madeira que repousa sobre uma parede que separa o primeiro e o segundo coro.
A igreja tem uma imagem da Santíssima Virgem Maria datada do século XIV e uma imagem de São Jorge datada do século XV.
A igreja tem uma porta de madeira com sete metros de altura, que separa os dois compartimentos da nave, datada do século XI.
2- A igreja de São Iskhyrun:
A Igreja é acedida pelo lado sul do coro da igreja de São Bishoy.
A igreja tem um santuário datado do século IV, embora seja uma paraclisão da antiga igreja de São Bishoy e tenha sido dividida no século XIV.
As relíquias do santo mártir São Iskhyrun são guardadas sob o altar.
O Papa Benjamim trouxe as suas relíquias do Mosteiro de São Samuel no século XIV, porque era um mosteiro isolado que foi atacado por ladrões e mercenários.
A igreja tem um santuário com um antigo véu datado do século XI.
3- A igreja da Santíssima Virgem Maria e do Papa Benjamim I
A igreja está localizada no canto norte da igreja principal de São Bishoy e é acessível a partir do coro dessa igreja. O Santuário data do século IV, estando o canto oriental coberto com restos de frescos do século XI, enquanto que o seu véu data do século XVIII (1489MD).
4- A igreja de São Jorge:
A entrada da igreja fica perto do canto sudeste da igreja principal. Conta com dois santuários, um dedicado a São Jorge e o outro dedicado à Virgem Maria.
Algumas das relíquias de São Jorge encontram-se nessa igreja.
5- Igreja da Santíssima Virgem Maria na fortaleza:
A igreja é datada do século V, está situada no segundo andar da fortaleza e é constituída por três santuários.
O santuário principal é dedicado à Santíssima Virgem Maria.
O santuário a norte é dedicado ao Bispo Rewais e ao Bispo Abraão, após o Santo Sínodo ter reconhecido o Bispo Abraão de Fayoum e Giza como Santo em 1963 d.C..
Um dos monges deixou escrito a negrito na parede norte do santuário a data da visita de Santo Inácio, Patriarca de Antióquia, no sábado 1089 MD, 1473 d.C..
O santuário a sul é dedicado a três Makars e São Samuel, o confessor.
6- A igreja do Arcanjo Miguel:
A igreja está localizada no terceiro andar da fortaleza e é datada do século V. Assim como todos os mosteiros egípcios, a igreja do terceiro andar da fortaleza é dedicada ao arcanjo Miguel, pois ele é o anjo da guarda; a velha tradição diz: “Arcanjo Miguel é o anjo da guarda dos monges”.
A igreja tem um lindo véu datado do século IX e foi restaurada em 1792 d.C. por Ibrahim El Gohary, depois em 1935 d.C. foi restaurada pelo Papa João XIX.
