O mosteiro tem 2 hectares e 16 carates. O príncipe Omar Toson foi o primeiro a medir a sua área e a altura da parede exterior, da fortaleza e do moinho. Ele documentou tudo isso no seu livro em 1935 d. C..
São Bíshoy fundou o mosteiro que tem o seu nome no século IV após 374 d.C..
Em 340 d.C. São Bishoy foi ordenado monge e viveu no deserto de Wadi Al Natron numa área chamada colina de Abu Henes, a 3 km a sudeste do mosteiro atual. Ele e S. João, o Baixo, foram discípulos de São Pambo.
Em 374 d.C. São Pambo morreu. Um anjo apareceu a São João, o Baixo, e a São Bíshoy, tendo o anjo dito a São João para viver em obediência e disse a São Bíshoy para viver no lado ocidental da colina de Abu Henes, numa cela que existe até hoje no Mosteiro da Virgem Maria Síria.
Em pouco tempo ele tornou-se bem conhecido e recebeu muitos discípulos, eles construíram a antiga igreja de São Bishoy, cavaram um poço bem conhecido como “o poço dos Mártires” e construíram um moinho para moer grãos. Este foi o início do mosteiro de São Bíshoy, tudo estava em paz até ao ataque dos berberes em 407 d.C..
São Bishoy deixou o mosteiro com os seus discípulos e foi para Ansena (Minia) onde fundou outro mosteiro com o seu nome em Dayr Bersha. Em 417 d.C. ele faleceu e foi, honrosamente, sepultado lá.
Em 840 d.C., Ahmed Ibn Tulun conseguiu vencer os berberes, e mais tarde os monges começaram a construir um muro para o mosteiro que demorou três anos a completar.
Em 843 d.C. os monges do mosteiro de São Bishoy pediram ao Papa Yosab, o Patriarca cinquenta e um, que trouxesse o corpo de São Bishoy de Ansena para o seu mosteiro.
No século XIII, as térmitas atacaram o mosteiro e destruíram o teto da antiga igreja por ser feita de madeira.
No século XIV, o Papa Benjamim II construiu um novo teto usando pedra.
Portanto, a antiga igreja data do século IV, enquanto que o seu teto data do século XIV. Ao longo dos anos tudo foi pacífico, apesar do progresso monástico e arquitetónico do mosteiro ter sido muito lento até Novembro de 1971, quando S.S. o Papa Shenouda III foi ordenado 117º Patriarca de Alexandria, tendo feito um grande renascimento monástico e arquitetónico no mosteiro de São Bishoy. S.S. construiu muitas igrejas, edifícios de culto, e a residência papal no interior do mosteiro. Quando Sua Excelência constituiu o Centro do Logos Papal. Realizou também muitas conferências culturais, e encorajou os monges a estudar, pesquisar e aprender diferentes línguas.
