Havia uma forte ligação entre São Bishoy e S. S. o Papa Shenouda III.
Na altura em que foi proclamado 117º Papa de Alexandria e Patriarca da Sé de São Marcos, S. Exa. o Papa Shenouda III estava a rezar ao lado do corpo de São Bishoy para que o Senhor pudesse revelar e cumprir a Sua Vontade na sua vida. Isto foi dito por S.S. Bispo e Abade Sarapamon.
A 17 de março de 2012 o Papa Shenouda III faleceu e foi sepultado no mosteiro de São Bishoy, de acordo com a sua vontade, numa sepultura especial, em frente à igreja de São Bishoy, no lado norte.
O local foi construído no ano 2000 como museu para S.S. Papa Macário III.
Após a morte de S.S. Papa Shenouda III foi enterrado neste lugar e tornou-se um túmulo especial para a sua santidade. Embora as vestes papais de S. S. Papa Macário III tenham sido transferidas para o antigo retábulo.
O túmulo inclui muitos dos seus pertences de santidade, tais como a sua roupa papal e as suas fotografias, bem como os seus livros. O corpo de S.S. repousa neste lugar num túmulo, onde as pessoas vêm de todo o lado para receberem a sua bênção.
