A Igreja da Virgem Maria, a gruta, está localizada junto à muralha norte, no meio do mosteiro. Em frente à igreja, há três degraus que conduzem à entrada, que contém a porta da igreja e uma vista em mosaico da Virgem Maria carregando o Senhor Cristo, sendo o nível da igreja seis degraus mais baixo do que o nível da entrada.
O altar central desta igreja é dedicado ao nome da Virgem Maria, sendo a sua iconostasia feita de madeira, incrustada com marfim e cruzes que datam do século XV d.C. Na parte superior da iconostasia, há uma imagem da Virgem Maria carregando o Senhor Cristo, à sua direita e à sua esquerda estão os doze discípulos, encontrando-se no topo, a Cruz e as Marias.
À direita do altar, há uma grande imagem da Virgem Maria sentada num trono com Cristo no seu colo.À esquerda do altar, há uma imagem de Cristo sentado no trono,
a levantar a Sua mão como sinal de bênção e a segurar a Bíblia com a Sua outra mão, estando a Sua cabeça rodeada por uma auréola luminosa contendo a forma de uma cruz com três ramos.Quanto ao altar do sul, é dedicado a São Marcos, o Apóstolo e tem uma iconostasia recente com imagens dos pais da ordem monástica.
Da esquerda, São Pacômio, o Grande, o pai da vida monástica comunitária, Santo António, o Grande, o pai dos monges. No meio, está São Marcos Apóstolo e o Evangelista das terras egípcias com um barco e um farol à sua volta, a prova da sua pregação em Alexandria, estando o seu nome escrito na língua copta. Da direita,
S. Macário o Grande, o fundador da ordem monástica em Wadi El-Natrun e São Shenouda, o Arquimandrita. Todos eles usam o esquema monástico e seguram um cajado, exceto São Marcos Apóstolo, que usa uma túnica azul e um lenço.Quanto ao altar do norte, é dedicado a São Jorge mártir romeno, encontramos na iconostasia, da direita para a esquerda, os ícones dos seguintes mártires: O mártir Abanoub al-Nahisi, a mártir Mina al-Agibi, no centro o mártir Marguirguis al-Romani, depois o mártir Abi Seifin e, por último, a mártir casta Demiana e as quarenta virgens.
O Primeiro Coro
O Compartimento dos Santos:
No primeiro coro, encontramos um compartimento recentemente construído na parede norte da igreja em frente ao altar de São Jorge, o mártir, que contém dois tubos:O primeiro tubo contém os restos mortais de São João Kama, o padre, cujo mosteiro foi destruído no século XIII d.C., pelo que os monges do seu mosteiro os trouxeram para serem colocados no mosteiro de Al-Suryan.Quanto ao segundo tubo, contém os restos mortais de doze santos de diferentes nacionalidades, nomeadamente: Santo Éfrem, o Sírio, que tem uma árvore que ainda está presente no mosteiro até agora, Santo Severo, Patriarca de Antióquia, São Dióscoro, o vigésimo quinto patriarca de Alexandria, São Kyriakos e a sua mãe, a mártir Yulita, o príncipe mártir Tadros al-Mashriqi, os quarenta mártires de Sebastia, São Tiago o Persa o Cortado, São João o Baixo, São Moisés o Negro, São Arquílidas o Monge e, finalmente, o cabelo de Santa Maria Madalena.
O primeiro coro contém um grupo de imagens, incluindo:
Primeiro – Uma imagem da Virgem Maria carregando o Senhor Cristo e três anjos que a envolvem de cada lado. São João Baptista aparece a segurar o pé do Senhor Cristo, para nos lembrar do seu ditado: “Não sou digno de desatar as correias das Suas sandálias” (João 1,27). Ao seu lado está um cordeiro, para nos lembrar do seu ditado: “Eis o Cordeiro de Deus que tira o pecado do mundo” (João 1,29).
Segundo – Uma imagem de São Elias. Em cima, encontramos Cristo e a Virgem Maria, e em baixo, está inscrito o que é um desenho de Anastasi Al-Roumi, no ano de 1582 dos mártires.
Terceiro – Uma imagem da crucificação, na qual o Senhor Cristo aparece crucificado, rodeado pelo ladrão à direita e pelo ladrão à esquerda, com três soldados com uma lança, abaixo a Virgem Maria à direita e São João, o Amado, à esquerda.
Quarto – A imagem da ressurreição, que também foi desenhada por Anastas Al-Roumi no ano de 1582 dos mártires, existindo uma cópia semelhante no Museu Copta.
O Segundo Coro
O segundo coro contém a velha cabine que costumava conter os restos mortais dos santos, que foram transladados para a nova cabine no primeiro coro. A caraterística mais importante desta cabine são as imagens pendentes e as decorações que datam do século XII d.C. que são feitas de madeira entrelaçada com a sua própria beleza. A madeira era considerada o principal material para os Coptas na sua arte, pois é uma substância fácil de gravar, sendo utilizada para decorar igrejas tais como portas, soleiras e suportes de imagens. Na realidade, as esculturas em madeira continuam a ser utilizadas na arte copta até aos dias de hoje.
A porta deste segundo coro, que a separa do primeiro coro, tem algumas esculturas bonitas que datam da época Fatimida, que se distingue apenas por decorações, sem gravura de figuras. É composta por três folhas de cerca de seis metros de comprimento, e os preenchimentos são maravilhosamente elaborados. A única entrada para a igreja está localizada neste coro, do lado da frente. Quanto às imagens do segundo coro que se encontram penduradas nas paredes, todas elas são imagens modernas.
No final deste coro do oeste, encontramos a Pia de El-Lakan, na qual se reza a Liturgia da Epifania, ou seja, a Festa da Teofania.
O Terceiro Coro
Quanto ao terceiro coro, encontramos na parede, do lado ocidental, três peças de mármore nas quais estão gravadas três letras; cada letra tem o seu próprio símbolo e significado. No meio está a letra “Fay”, que é uma abreviatura da palavra “Ephnuti”, que significa Deus. A letra “Alfa” no lado norte significa “o início” e a letra “Omega” no lado sul significa “o fim”, significando que Deus é o início e o fim. Além disso, existe um grande grupo de imagens contemporâneas para um grupo de mártires e santos neste coro. O modelo desta igreja remonta ao século IX d.C. Chama-se gruta devido à presença de uma caverna, ou seja, um esconderijo subterrâneo, na parede norte, que pode ser entrado através de uma abertura na parede do altar norte. Os monges usaram-na para escapar durante os ataques bárbaros, continuando a existir até agora.
