São Macário veio do norte de Wadi El-Natrun para a parte sul por volta do ano 360 d.C., quando tinha sessenta anos de idade. Após a região norte estar lotada de monoteístas, ele construiu uma igreja para os mesmos e deixou o seu discípulo Pafnúcio a geri-la.
Neste local, na parte sul do vale e na orla da superfície rochosa, escavou para si uma caverna com uma longa cave que termina noutra caverna secreta na qual procurou refúgio, a fim de evitar encontrar visitantes, uma vez que gostava de solidão e tranquilidade (no mosteiro foi finalmente encontrada a caverna do santo com uma cave).
Contudo, os seus alunos rapidamente se multiplicaram e se reuniram em grupos construindo residências independentes chamadas “Manshoubiat”, que é uma palavra copta cujo significado é habitação coletiva ou individual. Começaram individualmente, depois o seu número aumentou até se tornarem vários milhares.
A única coisa que os juntava era a frequência semanal na igreja, aos sábados e domingos, para ouvir o ensinamento e participar na Sagrada Comunhão.