Церковь Девы Марии была построена на том же самом месте, где находилось Святое Семейство. Рядом с церковью находилась купель, построенная по римской системе. Позднее там был возведён монастырь, который назывался Крещенским монастырём, и там проживали монахи до конца двенадцатого века нашей эры.
Церковь была восстановлена в одиннадцатом веке по приказу Фатимидского Халифа Аль-Хаким бин Амр Аллах, а в XVI веке Церковь была разрушена и оставалась в руинах до тех пор, пока Мухаммед Али Паша не приказал её воссоздать в 1846 году нашей эры, сохранив при этом её древний характер и оставшиеся археологические части.
В 1968 году неф был перестроен, и в процессе строительства были найдены мощи некоторых святых, в том числе Патриарха Антиохийского Анбы Савируса и Анбы Захариаса, Епископа Саха в седьмом веке нашей эры, вместе с его останками.
Церковь пострадала от несчастного случая, пожара 18 июня 2008 года. Этот пожар стал причиной полного сожжения ряда церковных древностей, включая древний иконостас нефа. Сгорела дотла также редкая икона Девы Марии.
Церковь была отреставрирована в соответствии с коптским архитектурным наследием с использованием очень точных красивых геометрических и художественных методов. Также во время восстановительных работ использовались кирпичи специального типа. Церковь была открыта в мае 2014 года.
Иконостас или «иконодержатель» находится перед древней частью церкви, которая состоит из 3 нефов. Средний неф – в честь Девы Марии, строительство нефа относится к IV веку нашей эры, и он сохранился до сих пор. Он воздвигался дважды: первый раз в одиннадцатом веке и второй раз в девятнадцатом веке нашей эры.
