Из исторических трудов известны три названия Церкви «Дейр-аль-Гарнус» на протяжении веков:
Первое название: Церковь «Бэй Иссос». Название стало известно после посещения Христа, слава Ему. Название относится к местонахождению Церкви. Это отметил Анба Куриакос, Епископ Бахнаса, в своих мемуарах, которые он написал в седьмом веке н.э., о Святом Семействе, которое провело в этом месте четыре дня.
Второе название: «Церковь Аргинос». Под этим названием она упоминается древними историками в своих трудах. Это французское слово, означающее «сбор информации и проведение исследований», которое применимо к расположенному в церкви колодце, который использовался для проверки уровня воды в реке Нил.
Что касается третьего названия: Церковь «Дева Мария, монастырь Гарнус». Это современное название Церкви, построенной на руинах старой церкви. Название посвящается и восходит к арабской эпохе, около 300 лет назад.
Историк Мухаммад Рамзи упомянул об этой церкви в Географическом Словаре Стран Древнего Египта, назвав её «Нахият-аль-Гарнус».
