Церковь была построена в третьем веке и называлась «Бей Иссос». Однажды, когда Преподобный Фома молился в Церкви и освящал Евхаристию, к нему явился Ангел Господень и сказал ему: «После того, как ты подойдёшь к Евхаристии, собери святые сосуды и спрячь их под алтарь, потому что неверные нападут на это место и разрушат Церковь». Преподобный Фома поступил так, как повелел ему Ангел Господень, а сам сбежал через подземный ход, который сохранился до сегодняшнего дня.
Гонения продолжились и в эпоху Диоклетиана, — церковь была снесена и превратилась в высокий холм из грязи, и в таком состоянии церковь оставалась до седьмого века нашей эры.
У Пастора Антония, служившего в Церкви «Аба» в Бахнаса, было видение, в котором Господь Бог объявил ему, что это место населено Ангелами Господними, а под холмами скрыта древняя Церковь, и в этом месте слышны хвалебные песнопения.
После этого Пастор Антоний отправился в город Бахнаса и рассказал о своём видении Анба Куриакос, Епископу Бахнаса в то время.
После этого Епископу Куриакос явилась Дева Мария в ярком светящемся сиянии, который освещал всё вокруг ярче солнечного света, с возлюбленным сыном своим. И сказал Иисус: «В этом месть есть алтарь с ореолом славы, и оно будет вечным». Тогда мать Мария спросила Иисуса: «Как долго, мой возлюбленный сын, это место будет оставаться в руинах?» И ответил Иисус: «Даже если это место останется разрушенным, то память о нём будет увековечена навсегда, и там будет жить большая группа людей, а его имя станет известным». После того, как Иисус произнес свои слова, они с матерью исчезли из поля зрения.
После этого Анба Куриакос попросил Преподобного Антония, нескольких священников и регентов пойти к этому месту в поисках реликвий. В итоге они нашли ковчег, святые сосуды и то, что было написано Преподобным Фомой, служителем церкви.
Церковь была восстановлена в седьмом веке Его Преосвященством Епископом Бахнасы Куриакос, и затем передана Священнику Антонию, который оставался там в служении с чистотой веры.
