Монастырь расположен на площади 2 акра и 16 карат. Принц Омар Тосон первый измерил его площадь и высоту внешней стены, крепости и мельницы. Все это он задокументировал в своей книге в 1935 году н.э.
Святой Бишой основал монастырь, который носит его имя, в IV веке, после 374 года н.э.
В 340 году н.э. Святой Бишой был рукоположен в монахи и жил в пустыне Вади Аль-Натрон в местности под названием «Холм Абу Хенес», в 3 км к юго-востоку от нынешнего монастыря. Он и Святой Иоанн Короткий были учениками Святого Бемваха.
В 374 году н.э. Святой Бемвах умер. Ангел явился Святому Иоанну Короткому и Святому Бишою. Ангел велел Святому Иоанну жить рядом с «деревом послушания», а Святому Бишою повелел поселиться на западной стороне Холма Абу-Хенес в келье, которая существует и по сей день в Сирийском Монастыре Девы Марии.
Вскоре он стал хорошо известен, и у него появилось много последователей. Они построили древнюю Церковь Святого Бишоя, вырыли колодец, известный как «Колодец Мучеников», и построили мельницу для перемалывания зерна. Это положило начало Монастырю Святого Бишоя. Всё было безмятежно до нападения берберов в 407 году н.э.
Святой Бишой покинул монастырь вместе со своими учениками и отправился в Ансану (провинция Мения), где основал ещё один монастырь, названный в свою честь в Дейр Берше. В 417 году н.э. он скончался и был похоронен там с почестями.
В 840 году н.э. Ахмед ибн Тулун смог победить берберов, после этого монахи начали строить стену для монастыря. У них ушло на это три года.
В 843 году н.э. монахи Монастыря Святого Бишоя попросили Папу Йосаба, пятьдесят первого Патриарха, вернуть тело Святого Бишоя из Ансены в свой монастырь.
В тринадцатом веке монастырь подвергся атаке белых термитов и разрушил потолок древней церкви, так как он был деревянным.
В четырнадцатом веке Папа Бенджамин Второй построил новый каменный потолок.
Поэтому древняя церковь датируется IV веком, а потолок – XIV веком. Многие годы все вокруг было умиротворенным, а монашеский и архитектурный прогресс монастыря был очень медленным до ноября 1971 года, когда Светлейший Папа Шенуда Третий был возведен на престол 117-м Патриархом Александрийским. При нём произошло великое монашеское и архитектурное возрождение Монастыря Святого Бишоя. Светлейший Папа построил много церквей, построек для богослужений и папскую резиденцию внутри монастыря. Светлейший Папа учредил Центр Папского Слова. Он также провел много культурных конференций, и призывал монахов изучать, исследовать и усваивать разные языки.
