Его Святейшество Папа Шенуда III написал в журнале
«Эль-Кераза» (в номере от 17 ноября 1978г.) о Монастыре Святого Бишоя:
«Монастырь Святого Бишоя почти исчез».
В 1961г. Епископ и Игумен Монастыря Святого Бишоя Василий объявил, что он больше не может управлять монастырём.
Монахи пожаловались Его Святейшеству Папе Кириллу VI о том, что они не могут найти даже предметы первой необходимости. Поэтому Папа назначил Аббата Феофила Епископом Монастыря «Аль-Суриан» с целью контролировать там расходы и оплатить все накопившиеся долги. Однако монашескую и архитектурную застройку необходимо было передать в руки Божии.
Когда Его Святейшество Папа Шенуда III был интронизирован 117-м Патриархом, в монастыре было всего десять монахов, четыре монаха постоянно проживали в его стенах, а остальные шесть служили вне монастыря. Его Святейшество посвятил в Епископы Игумена Сарапамона и отправил его на службу в Монастырь Святого Бишоя.
Возрождение монашества и архитектуры началось в эпоху Его Святейшества Папы Шенуды III. На сегодняшний день число монахов достигло двухсот: двадцать пять монахов живут отшельниками в общине в своих кельях как внутри, так и за пределами монастыря, и никогда никуда не выходят, кроме как в случае необходимости, например, Отец Йостос Анба Бишой и Отец Пефнотиус Анба Бишой.