В Монастыре Святого Бишоя есть одиннадцать церквей, наиболее известными и старинными из которых являются:
1- Древняя Церковь Святого Бишоя:
Церковь датируется четвертым веком и включает в себя три святилища.
Главное святилище посвящено Святому Бишою, и соединяется с Ризницей высокими воротами с декоративными деревянными панно, относящимися к Фатимидскому периоду.
Северное святилище посвящено Святой Деве Марии. Южное святилище посвящено Иоанну Крестителю, и там на восточной стене обнаружена древняя живопись. Усыпальница с телом Святого Бишоя и мощи Святого Павла из Теммаха находятся в северо-восточном углу ризницы, а усыпальница с телом Папы Вениамина II располагается в юго-западном углу нефа.
В нефе есть прекрасная деревянная кафедра, датируемая шестым веком, которая использовалась духовным отцом для проповедей своим ученикам, или священником для обучения людей христианской вере. Кафедра сделана из дерева в виде квадрата, площадью 2х2м2. Балюстрада кафедры находится на высоте 1,5м от церковного пола, она закреплена деревянной колонной и опирается на стену, которая разделяет первую и вторую ризницы.
В Церкви есть икона Святой Девы Марии, датированная четырнадцатым веком, и икона Святого Георгия, выполненная в пятнадцатом веке.
Церковная дверь высотой семь метров разделяет два пролёта нефа. Дверь относят к одиннадцатому веку.
2- Церковь Святого Исхыруна:
Вход в Церковь осуществляется с южной стороны Ризницы Церкви Святого Бишоя.
В церкви есть святилище, датированное четвертым веком, хотя она является параекклесией древней церкви Святого Бишоя. Она была отделена в четырнадцатом веке.
Мощи Священномученика Святого Исхыруна находятся под алтарём.
Папа Вениамин перевёз его мощи из Монастыря Святого Самуэля в четырнадцатом веке, который был обособленным монастырём и часто подвергался нападению воров и военных наёмников.
В Церкви есть одно святилище с древним покровом, датируемым одиннадцатым веком.
3- Церковь Святой Девы Марии и Папы Вениамина I
Церковь расположена в северном углу основной Церкви Святого Бишоя и в неё можно попасть из ризницы главной церкви. Святилище датировано четвёртым веком, восточный угол святилища покрыт остатками фресок, датированных одиннадцатым веком, в то время как его покров относится к восемнадцатому веку (1489г.н.э.)
4- Церковь Святого Георгия:
Вход в Церковь находится недалеко от юго-восточного угла основной Церкви. Там есть два святилища, одно посвящено Святому Георгию, а другое – Деве Марии.
Некоторые реликвии Святого Георгия находятся в этой Церкви.
5- Церковь Святой Девы Марии в крепости:
Церковь датируется пятым веком и находится на втором этаже крепости. Церковь состоит из трёх святилищ.
Главное святилище посвящено Святой Деве Марии. Северное святилище посвящено Епископу Ревайсу и Епископу Абрааму, после признания Священным Синодом Епископа Файюма и Гизы Абраама святым в 1963г.н.э.
Один из монахов записал на северной стене святилища дату посещения обители Святым Игнатием, Патриархом Антиохийским: субботу 1089г.н.э. (1473г.н.э. – жирным шрифтом).
Южное святилище посвящено трём Макарам и Святому Самуэлю, исповеднику.
6- Церковь Архангела Михаила:
Церковь находится на третьем этаже крепости и датирована пятым веком. Так же, как и все египетские монастыри, Церковь на третьем этаже крепости посвящена Архангелу Михаилу, поскольку он охраняющий ангел. Старое предание гласит: «Архангел Михаил – охраняющий ангел монахов».
В Церкви есть красивый покров, датированный девятым веком. Церковь была восстановлена в 1792 г.н.э. Ибрагимом Эль-Гохари, а затем в 1935г.н.э. она была восстановлена Папой Юанесом XIX.
