Святой Макарий спустился с севера Вади Аль-Натрун и продвинулся далеко на юг около 360 года н.э., когда ему было шестьдесят лет. После того как северный регион стал заполняться монотеистами, он построил для них церковь и оставил своего ученика Пафнутия управлять их жизнью.
Здесь, на юге долины и на краю скалистой поверхности, он вырыл для себя пещеру с длинным подвалом, которая заканчивается другой тайной пещерой, в которой он прятался, чтобы избежать встреч с посетителями, потому что он любил уединение и максимальное безмолвие (монастырю, в конце концов, удалось найти пещеру Святого с подвалом).
Однако вскоре число его учеников увеличилось, они собирались в группы и строили отдельные места постоянного проживания под названием «Маншубиат», что является коптским словом, означающим коллективное или индивидуальное жильё. Начинали индивидуально, а потом их число увеличивалось, пока не достигло нескольких тысяч.
И единственное, что собирало их всех вместе, — это еженедельное посещение церкви по субботам и воскресеньям с целью прослушать проповеди и причаститься, а также приобщиться к Святому Причастию.