Церковь Девы Марии, пещера, находится около северной стены в центре монастыря. Перед церковью есть три ступени, ведущие к доксару, где располагается церковная дверь и мозаичное изображение Девы Марии с Иисусом Христом на руках. Уровень церкви – на шесть градусов ниже уровня доксара.
Средний неф этой церкви посвящен Деве Марии. Иконостас Церкви выполнен из дерева и инкрустирован слоновой костью, а кресты относятся к XV веку нашей эры. В верхней части иконостаса находится икона Девы Марии с Иисусом Христом на руках, а справа и слева от неё находятся двенадцать учеников. На самом верху мы видим Крест и Марис.
Справа от нефа находится большая икона Девы Марии, сидящей на престоле, с Иисусом Христом на руках. Слева от нефа находится икона сидящего на престоле Христа. Он поднимает руку в знак благословения и держит Библию в другой руке, а голова Его окружена светящимся ореолом в форме креста с тремя ветвями. Что касается южного нефа, то он посвящен Святому Марку Апостолу. В нём есть современный иконостас с иконами отцов монашеского ордена. Слева – Святой Пахомий Великий, отец общинного монашеского быта, Святой Антоний Великий, Преподобный отец монахов. В центре находится Святой Марк Апостол и Евангелист в окружении Египетских земель с лодкой и маяком. Там же есть подтверждение его проповеди в Александрии, и его имя, написанное на коптском языке. С правой стороны находится Святой Макарий Великий, основатель монашеского ордена в Вади Эль-Натрун и Святой Шенуда, Архимандрит. Все они одеты в монашеские схимы и держат палки, кроме Святого Марка Апостола, который одет в синий халат и шарф. Северный неф посвящен Святому Георгию, Румынскому мученику. А на иконостасе, справа налево, мы можем обнаружить иконы следующих мучеников: мученик Абануб Аль-Нахиси, мученик Мина Аль-Агиби, посередине – мученик Маргуиргуис Аль-Романи, затем – мученик Аби Сейфин, и наконец, целомудренная мученица Демиана и сорок девственниц.
Первая Ризница Помещения для Святых:
В первой ризнице мы обнаруживаем недавно построенное помещение в северной стене церкви перед нефом Святого мученика Георгия. В помещении есть две камеры: В первой камере находятся останки Святого Иоанна Кама, священника, монастырь которого был разрушен в тринадцатом веке нашей эры, поэтому монахи его монастыря привезли его мощи для сохранения в Монастыре «Аль-Суриан». Во второй камере находятся мощи двенадцати святых разных национальностей, а именно: Святой Афрам Сириец, дерево которого до сих пор находится в монастыре, Святой Севирус, Патриарх Антиохийский, Святой Диоскор, двадцать пятый Патриарх Александрийский, Святой Кириакос и его мать, мученица Юлита, мученик князь Тадрос Аль-Машрики, сорок мучеников Себастии, Святой Иаков Персиянин Разрубленный, Святой Яннис Короткий, Святой Моисей Чёрный, Святой монах Архилид, и, наконец, волосы Святой Марии Магдалины. В первой ризнице находится несколько икон:Первая икона: икона Девы Марии с Иисусом Христом на руках, и три ангела, защищающие её со всех сторон. Святитель Иоанн Креститель предстает держащим ногу Иисуса Христа, напоминая нам о своих словах: «Я же недостоин даже быть рабом, который развязывает ремни Его сандалий» (Иоанн 1:27). Рядом с ним агнец, чтобы напомнить нам высказывание: «вот Агнец Божий, Который берет [на Себя] грех мира» (Иоанн 1:29). Вторая икона: икона Святого мученика Ильи. Наверху мы видим Христа и Деву Марию, а внизу написано, что это картина Анастаси Аль-Руми в 1582 году мучеников. Третья икона: икона Распятия, где Иисус Христос изображен распятым, окруженным разбойником справа и разбойником слева, и тремя воинами с копьями, а ниже – Дева Марии справа и Святой Иоанн Возлюбленный слева.
Четвёртая икона – икона Воскресения, которая также была выполнена Анастасом Аль-Руми в 1582 году мучеников, копия которой обнаружена в Коптском музее.
Вторая Ризница
Во второй ризнице находится старое помещение, где раньше были останки святых, которые перенесли в новое помещение в первой ризнице. Важнейшей характеристикой этого помещения являются висящие в ней иконы и украшения, относящиеся к двенадцатому веку нашей эры, которые сделаны из переплетенного дерева, обладающего собственной особенной красотой. Дерево считалось основным материалом для коптов в их искусстве, так как это легкий материал для гравировки, и оно использовалось для украшения церквей, таких как двери, дверные пороги и иконодержатели. Собственно говоря, резьба по дереву продолжает использоваться в коптском искусстве и по сей день.
Дверь второй ризницы, отделяющая её от первой ризницы, отличается красивой резьбой, которая относится к эпохе Фатимидов, где были характерны только украшения, без гравюр. Дверь составлена из трех полотнищ длиной около шести метров с красиво оформленным наполнением. Единственный вход в церковь расположен в этой ризнице со стороны фасада. Иконы, которые развешены на стенах во второй ризнице, — современные иконы.
В конце этой ризницы с западной стороны мы обнаруживаем Купель Эль-Лакан, где мы молимся во время литургии Крещения Господня, т.е. во время религиозного Праздника Богоявления.
Третья Ризница
В третьей ризнице мы обнаруживаем на стене, с западной стороны, три куска мрамора, на которых выгравированы три буквы: каждая буква имеет свой символ и значение. В середине находится буква «Фэй», которая является аббревиатурой от слова «Эфнути», означающего «Бог». Буква «Альфа» на северной стороне означает «Начало», а буква «Омега» на южной стороне — «Конец», означающая, что Бог – это начало и конец. Кроме того, в этой ризнице находится большая группа современных икон, посвященных группе мучеников и святых. Дизайн этой церкви относится к девятому веку нашей эры. Эту ризницу называют пещерой из-за наличия в северной стене пещеры, то есть подземного укрытия, в которое можно войти через проём в стене северного алтаря. Монахи использовали эту пещеру для возможности побега во время нападений берберцев, и эта пещера существует до сих пор.