В древние времена римские солдаты построили церковь над пещерой «Абу Серга» и назвали её в честь двух известных святых: Святых Сергия и Вакха, которые приняли мученическую смерть во времена правления Максимиана (280–305 годы н.э.). Позднее эта церковь стала известна как Церковь Абу Серга.
Церковь оставалась местом епископального престола с четвёртого века до тринадцатого века. Сначала она была известна как «Вавилонский престол», потом как «Престол Фустат», а позднее её стали называть «Египетский престол».
Согласно другим преданиям, — Церковь была основана в конце седьмого века Афанасием, пришедшим из Сирии, под влиянием рассказов о Святых Сергии и Вакха. Поэтому он принял решение построить эту церковь.
Церковь построена в стиле базилики, и её размеры: 27м в длину, 17м в ширину и 15м в высоту. Пол церкви находится примерно на 3,90м ниже уровня улицы. Вход ведёт в неф церкви, а оттуда в три Святилища.
Святое Семейство скрывалось в древней пещере под Святилищами.
В нефе находятся колонны с коринфскими капителями, относящимися к четвёртому и пятому векам нашей эры.
В южном святилище церкви была обнаружена стенная роспись, датируемая тринадцатым веком нашей эры, на которой находится много археологических икон.
Эта церковь расположена в середине Воскового Дворца или Римского Форта, рядом с Коптским музеем.
В конце правления династии Омейядов Церковь была охвачена огнём, когда Халиф Марван II (последний Халиф Бани Омейя
(744 –750 годы н.э.) поджёг Аль-Фустат. Церковь позднее была восстановлена министром Юханна бен Юсуф, известным как Ибн Аль-Абах, — тайным хранителем Фатимидского Халифа Аль-Мунтасир в 1102 году н.э.
В 768 году н.э. Халиф Марван бен Мухаммад освободил Патриарха, Анба Михаил I (номер 46), и потом он отправился в Церковь Абу Серга и совершил там молитву благодарения.
В 859 году н.э. был избран благочестивый пятьдесят пятый Патриарх Анба Шенуда, который стал первым патриархом, рукоположенным в этой Церкви.
Церковь «Абу Серга» в те времена считалась очень престижной, о чём свидетельствует тот факт, что большинство патриархов избирались именно в ней вплоть до начала двенадцатого века нашей эры, когда в 1102 году нашей эры был избран Патриарх Анба Макарий.
В настоящее время в Церкви находятся тела Святых Сергия и Вакха, также и преподобного мученика монаха Башннуна, тело которого было обнаружено в 1991 году н.э. под дворянством при реставрации церкви, а также большое количество археологических икон, украшающих её стены.
В Коптском музее хранятся некоторые важные древности из Церкви «Абу Серга», в том числе древний деревянный алтарь из дерева грецкого ореха, известный в истории древних церквей, а также коринфские капители, относящиеся к шестому веку нашей эры.
