اهتم قداسة البابا المتنيح أنبا شنوده الثالث بكنيسة العذراء بالمعادى ورسم لها الكهنة ابونا فيلبس بغدادى وابونا انطونيوس عطية وابونا تادرس فؤاد وفى عام 1983م
بدأت عمليات تنكيس وترميم شامل لمبنى الكنيسة القديم وتوسيع الكنيسة إلى وضعها الحالى وإعادتها إلى الحجم الأصلى بتفريغ الحوائط التى كانت قائمة غربها داخل صحن الكنيسة حيث تبين أنها كانت جزءًا مكملاً للكنيسة فى وضعها القديم وضمت مبانى ملحقة بها من الجهتين القبلية والبحرية.
وفى عام 1993 رسم قداسة البابا، نيافة الأنبا دانيال ليكون أول أسقفا عاما للمعادى وطرة ودار السلام.
سعى من الانبا دانيال تم الحصول على موافقة وزير الري لعمل مظلة بطول الكنيسة على النيل بعرض أربعة أمتار لعمل قاعات ومكان لجلوس الزوار أسفلها وأعلاها.
