من الأحداث العجيبة التى حدثت بهذه الكنيسة انه فى يوم الجمعة 3 برمهات الموافق 12 مارس سنة 1976م ، رأى الذين حضروا القداس الإلهي بهذه الكنيسة بعد خروجهم من القداس وهم فى الفناء الخارجى المطل على النيل كتاباً ضخماً يعلو سطح النيل وهو مفتوح وبعد إنتشالة من الماء وجد مفتوحاً على الصفحة التى بها الإصحاح 19 من سفر اشعياء حيث الآية: “مبارك شعبى مصر” (أشعياء 19: 25 ) ومازال الكتاب) موجود فى دولاب زجاجى مفتوحاً على هذه الصفحة لنوال البركة منه.
ويذكر أيضا أنه فى عام 1986م فى زيارة لأحد الرحلات من الاسكندرية، وجد احد الزوار فى صورة فوتوغرافية التقطها للكتاب المقدس بالكنيسة طيف العائلة المقدسة منطبعاً على الكتاب المقدس، فأرسلها إلى الكنيسة التى احتفظت بها بالمزار الأثري بجوار الكتاب المقدس.
ومن الأحداث الهامة التى حدثت بالكنيسة، ماورد بالسنكسار القبطى تحت يوم 12 بشنس عن خبر نياحة البابا مرقس السابع البطريرك ال106 فى أثناء زيارته لها فى يوم 12 بشنس 1485ش (18مايو1769م) فحمله المسيحيون من الكنيسة إلى دير مارجرجس للراهبات بمصر القديمة وبات فى مقصورة مارجرجس، وفى الصباح حملوه إلى كنيسة الشهيد مرقوريوس بمصر القديمة حيث قاموا بصلاة الجناز عليه ودفنوه هناك.
