أكدت بعض الشواهد التاريخية على وجود كنيسة العذراء بحارة زويلة على مسار العائلة المقدسة.
فمن الناحية التاريخية هناك كتب تاريخية متعددة تكلمت عن كنيسة العذراء بحارة زويلة وكونها ضمن مسار العائلة المقدسة منها: كتاب “تاريخ البطاركة” في الجزء الذي كتبه موهوب بن المنشور(1088م)، وكتاب “الكنائس والأديرة” لأبو المكارم (1209م) والمقريزي (قرن14) وأيضا دائرة المعارف القبطية – الجزء الرابع (1991م) وأوتوميناردوس (1962م) وباتلر (1882م) وأيضا تحدث عنها العلماء منهم الدكتور مراد كامل والدكتور جودت جبرة ونيافة الأنبا ديمتريوس أسقف ملوي ومرقس سميكة باشا مؤسس المتحف القبطي.
أما من الناحية الجغرافية كانت منطقة القاهرة الفاطمية قبل عصر الفاطميين هي منطقة متوسطة يمر بها الناس في طريقهم من المطرية وعين شمس إلى منطقة بابليون ومصر القديمة، فكانت في مسار العائلة المقدسة.
من الناحية الأثرية، ترجع الكنيسة إلى القرن الرابع وتوجد آثار في منطقة زويلة مثل المغارة والصهريج والكثير من الأماكن والمغارات والآبار التي ترتبط برحلة العائلة المقدسة.
