المعمودية الأثرية:
توجد داخل كنيسة الشهيد أبسخيرون القليني من الناحية البحرية. ويرجع تاريخها إلى القرن الرابع.
يعتقد أن القديس موسى الأسود قد نال نعمة المعمودية في هذا المكان. وهي لا تستخدم الأن وقد استبدلت بمعمودية أخرى حديثة.
المائدة الأثرية:
هي غرب كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية، ويفصلها عنها ممر ضيق بعرض مترين، ويرجع تاريخها. يرجع تاريخ المائدة الأثرية إلى القرن الرابع.
كان يجتمع فيها الآباء الرهبان يوم الأحد بعد القداس، لتناول طعام الأغابي، وكان الآباء الرهبان يجلسون على الأرض بحسب ترتيب الأقدمية في الرهبنة، ويجلس رئيس الدير على رأس المائدة ويقرأ بعض الأجزاء من الكتاب المقدس أو من كتاب بستان الرهبان، بغرض أن يأكل الرهبان الطعام الروحي مع الطعام الجسدي.
لم تعد تستخدم في الوقت الحالي بل حلت محلها مائدة أخرى حديثة، أما المائدة الأثرية تحتوي الأن على الكثير من القطع الأثرية والأيقونات الأثرية.
المطحنة الأثرية:
يرجع تاريخها إلى القرن الرابع وهي عبارة عن حجرة كبيرة وبها طاحونة ضخمة بتروس خشبية كانت تديرها الحيوانات.
يوجد بداخلها حجرتان من الجهة الشمالية، واحد لتخزين القمح والأخرى لتخزين الدقيق. لكن لم تعن المطحنة تستخدم في الوقت الحالي.
بئر الشهداء:
البئر عمقها حوالي 12 متر، وهي البئر الأصلية التي كانت تستخدم منذ عهد الأنبا بيشوي، وفيها غسل البربر سيوفهم من دماء الشهداء الذين قتلوهم في دير أبي مقار أثناء الهجمة الثالثة سنة 444م، والشهداء كانوا 49 شهيداً شيوخ شيهيت.
الطافوس:
“طافوس” كلمة يونانية معناها “المدفن” أو “المقبرة” وهو المكان الذي يتم فيه دفن الآباء الرهبان بعد نياحتهم. ويقع في الجهة الغربية من كنيسة الشهيد مارجرجس، ويرجع تاريخه إلى ما بعد القرن التاسع الميلادي.
قام المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث بإنشاء طافوس أخر جديد سنة 1986 بجوار الطافوس الأثري.
الحصن:
يرجع تاريخه إلى منتصف القرن الخامس (474م) ويقع في مدخل الدير الأثري من ناحية اليمين وقد بناه الملك زينون.
الحصن عبارة عن مبنى مربع الشكل وتبلغ مساحته 20 x 20 متر مربع وعرض جدرانه حوالي مترين وارتفاعه حوالي خمسة عشر متراً وهو مكون من ثلاثة طوابق،
الطابق الأول: يحتوي على البئر الذي يبلغ عمقه حوالي 18 متر، وكان يشرب منه الرهبان في أثناء محاصرة البربر لهم ، وكذلك توجد بعض الحجرات لإقامة الآباء الرهبان وتخزين الحبوب.
الطابق الثاني: توجد كنيسة السيدة العذراء، وفرن كانت تستخدم في عمل الخبز ومكتبة للكتب.
الطابق الثالث: يوجد به كنيسة الملاك وقد أهتم المعلم إبراهيم الجوهري بهذه الكنيسة اهتماماً خاصاً وقام بعمل حجاب الهيكل الموجود إلى وقتنا هذا. ويرجع تاريخ حجاب هيكل الكنيسة إلى سنة 1783م
فكرة عمل الحصن: كان يقف راهب فوق الدور العلوي من الحصن ليراقب مجئ البربر من بعيد وبمجرد رؤيته للبربر كان يضرب الجرس فتتجمع كل الرهبان ويدخلون الحصن من خلال كوبري أو قنطرة التي كانت تنتهي بخطاف.
وبعد دخول كل الرهبان إلى الحصن، يقوم الراهب بشد القنطرة لأعلى بواسطة حبل مثبت في بكرة، ويدخل الرهبان الحصن ويتم غلق الحصن، ويستمر الرهبان داخل الحصن حتى رحيل البربر.
القلالي القديمة:
يرجع تاريخها إلى القرن التاسع وهي ملاصقة لسور الدير الأثري وهي لا تستخدم الأن واستبدلت بقلالي أخرى جديدة.
سور الدير الأثري:
ويرجع تاريخه إلى القرن التاسع وقد بناه الرهبان ويبلغ عرضه حوالي اثنين متراً وطوله حوالي خمسة عشر متراً تقريباً وهو مبنى من الحجر الصوان.