مغارة أبو سرجة تقع أسفل منطقة الهياكل الثلاثة بكنيسة سرجيوس وواخس، وهي من أقدس الأماكن في الكنيسة حيث أن العائلة المقدسة مكثت فيها.
هي عبارة عن كنيسة صغيرة على شكل مستطيل صغير الحجم (6م x 4,5م) وتنخفض عن أرضية الكنيسة حوالي (6,30 مترا) والوصول إليها من ناحيتين بدرج سلالم أحدهما في الهيكل القبلي والآخر في الهيكل البحري.. ويوجد بها بئر مقدس شربت منه العائلة المقدسة أثناء وجودها هناك.
