Die Abu Serga Höhle (Heiliger Sergius) befindet sich in der der Heiligen Sergius und Bacchus Kirche unterhalb der drei Altäre. Dieser Teil gilt als der heiligste Ort in der Kirche, weil sich dort die Heilige Familie aufhielt.
Die Höhle ist eine unterirdische kleine rechteckige Kapelle (6 m x 4,5 m). Sie liegt etwa 6,30 m tiefer unter der Boden der Kirche und ist von zwei Seiten über Treppen zugänglich, eine vom südlichen und eine vom nördlichen Altar. In der Höhle gibt es einen heiligen Brunnen, aus dem die Heilige Familie trank, während sie sich dort aufhielt.