A Gruta de Abu Serga situa-se abaixo da área dos três santuários da igreja de Sérgio e Baco, sendo um dos lugares mais sagrados da igreja onde a Sagrada Família permaneceu por algum tempo, duas vezes; durante a sua viagem ao Egipto e na sua saída do Egipto. Esta é uma pequena capela retangular (6 m x 4,5 m) e está cerca de 6,30 metros abaixo do chão da igreja sendo acedida por escadas de dois lados, um no santuário do sul e o outro no santuário do norte. Na Gruta, há um poço sagrado do qual a família sagrada bebeu enquanto lá esteve.
