Пещера «Абу Серга» расположена на нижнем уровне под тремя святилищами Сергия и Вакха. Это одно из самых святых мест
в Церкви, где Святое Семейство останавливалось два раза на некоторое время: сначала во время своего пришествия в Египет,
а затем – на обратном пути из Египта. Это небольшая прямоугольная часовня (6м х 4,5м), расположенная на глубине примерно 6,30 метров под землей, — ниже церковного пола. Доступ к пещере есть с двух сторон по лестницам, одна – в южном святилище, а другая – в северном святилище. В Пещере есть также священный колодец, из которого Святое Семейство пило воду, скрываясь там.
